Как и в первой части игры, Вы действуете от лица Сэма Фишера, оперативника Управление национальной безопасности США.
Захватывающий сюжет переносит Вас в ближайшее будущее. Вы погружаетесь в напряженную атмосферу работы разведывательных агентств.
В Вашем распоряжении - последние технологии проникновения в тыл противника, ведения боя и сбора разведданных.
У Вас есть выбор: убивать или нет, но: Ваша цель - уйти незамеченным.

Действие происходит весной 2006г.
В конфликт вступают военные силы США и Восточного Тимора и яро поддерживаются правительством и индонезийскими партизанами.
Чтобы обезопасить себя от возможных покушений, военный лидер партизан Сухади Садано, разбросал по всему миру переносчиков оспы,
которые должны быть выпущены на свободу в случае его смерти.
Перед Сэмом Фишером ставится новая задача: защитить американские войска в различных точках земного шара,
положить конец Сухади и обезглавить партизанскую группировку.